Я так понимаю Вас интересует почему так получилось, что недавно человек пополнял на 100р, а заплатил 200. Я, думаю, это потому, что он оплачивал яндекс картой и Яша посчитал что это перевод на другую карту, а как мы знаем, что за перевод на карту Яндекс берет комиссию минимум 100 рублей, даже если ты 50р переводил. 

Я.Д не хватает

Я так понимаю, что основной получатесь ДС здесь кошелек WM? Отсюда и соответствующая комиссия

Я не понимаю о чем вы тут пишите, скажу что я выбираю оплату картой мастер кард от яндекса и не важно что она от яндекса, такой комиссии быть не должно. она должна определяться как карта мастер кард, а не яндекс и это проблема недосервиса от вэбмани. С другими сайтами и сервисами проблем с оплатой услуги картой от Яндекса никогда не возникало.