Он у вас точно в Head секции находится? Может вы его случайно в Body засунули?

дайте ссылку.

Все дело в вашем Doctype.
Вы используете Transitional, тогда как конструкции типа <что-то /> допускается использовать только со Strict.
Удалите закрывающие палки в одиночных тегах.

Встречается в нескольких местах, например в rss.xml

еще ругается на лишние пробелы в конце <li nk ........... >

Вообще у вас за 200 ошибок (именно ошибок) по версии валидатора, а вы из-за предупреждений переживаете.

Еще вопрос, а так ли стоит из-за этого переживать? Поправьте, что сможете. Сайт вроде не новый, и жил как-то до сего момента.