вручную с помощью драг энд дроп. в разделе меню.

действительно мы друг друга не понимаем.
дайте пример того что вы хотите сделать или уже написанный вами код

Вот собственно код)

<!----- Выпадающее меню ----->
<div id="dropmenu">

<div class="ddheader" id="one-ddheader" onm ouseover="ddMenu('one',1)" onm ouseout="ddMenu('one',-1)">

<?php wp_list_categories('title_li=&depth=1'); ?> <!---выводим первый уровень рубрик--->

</div>

<div class="ddcontent" id="one-ddcontent" onm ouseover="cancelHide('one')" onm ouseout="ddMenu('one',-1)">
<div class="ddinner">

<?php wp_list_categories('title_li=&depth=2'); ?> <!--- тут надо настроить вывод 2 уровня рубрик, но не просто, а чтобы выводились рубрики соответствующие подрубрике, а не все сразу --->

</div>
</div>
</div>
<!----- end ----->