Такая ситуация возникает в случае, когда вы пытаетесь переопределить файлы, обрабатываемые PHP в файле .htaccess, например так:

RemoveHandler .html .htm
AddType application/x-httpd-php .php .htm .html

Такую конструкцию можно использовать только в случае, когда PHP работает в режиме mod_php.