Говорят, что легче новый сделать, чем старый переделать или за кем то убираться. Отчасти это правда, т.к. по моим наблюдениям поисковики привыкают к коду сайта, они его помнят и будут помнить еще 6 месяцев и 2 дня. Столько время хранится кеш Яндекса. Думаю в данный момент актуален кеш октября-ноября 2016 года.
Начнем с того, что Вы установили WP, подобрали шаблон и закрыли от индексации сайт.

В админке: Консоль-Настройки-Чтение- Ставим галочку на Видимость для поисковых систем

В robots.txt:
User-agent: *
Disallow: /

Цитата
WordPressMaster Russia пишет: Начнем с того, что Вы установили WP, подобрали шаблон и закрыли от индексации сайт.

Начнем с того, что все операции по созданию и настройке сайта надо делать на денвере или другом локальном сервере, а потом уже заливать на хостинг готовый сайт. Тогда ничего и закрывать от индексации не надо будет...

Давайте начнем с читабельных и человекопонятных урлов - Ставим плагин Rus-To-Lat. Поставили - активировали и забыли.
Далее к постоянным ссылкам. Я склоняюсь к окончанию урлов .html / Тогда делаем так: /%category%/%postname%.html . Окей?

RaMZeS, не спеши, далее мы это рассмотрим - как удалять, менять и т.д., но структуру не стоит рушить, из-за этого я и предлагаю закрыть от индекса сайт изначально.

RaMZeS, ну добавление рубрик обычное дело, вот с удалением да, есть проблема на WP.

Цитата
WordPressMaster Russia пишет: При создании категории советую включить Хлебные крошки и убрать /category/, тогда будет выводится читабельно и короче урл.

Очень спорно и зависит от ситуации. Это безусловно приводит к повышению нагрузки. Иногда начинается конфликт плагинов из-за этого. Иногда это нарушает навигацию на сайте. Для себя выбрал такую структуру: site.ru/cat/имя_категории

Цитата
RaMZeS пишет: WordPressMaster Russia, я склоняюсь к /%postname%.html так как частенько приходится расширять границы сайта и перекраивать структуру, ну и соответственно менять рубрики (что-то добавлять, а что-то удалять). Так что это уже надо от ситуации отталкиваться

RaMZeS и прав и неправ одновременно. Иногда проще сделать /%postname%.html. Уже дважды менял на проектах структуру и были проблемы. Хорошо что есть плагины редиректа.
Но тут сразу другая проблема. Если в урле нет рубрики очень неудобно сортировать статистику. Т.е. предположим выгрузку из ЯМетрики можно легко сортировать по разделам просто задавая фильтр в Excel, если в урле есть этот самый раздел. А если там лишь %postname%? что делать? Из-за этого перевёл проект на /%category%/%postname%.html

WGN, я уже разработал себе метод борьбы с этим. Выгружаю в плагине Redirection урлы которые отдают 404 ошибку, проставляю куда их редиректить, и пакетно в тот же плагин добавляю. За 3-4 раза все ошибки исправляются.