Пришел ответ от Платона: Здравствуйте, Александр!
Ссылки отображаются как "удаленные" так как на момент сбора данных были убраны веб-мастерами соответствующих сайтов, или же страницы с ними были временно недоступны при обращении робота. Если перечисленные страницы Вашего сайта доступны и ссылки на них присутствуют, то по мере их обхода робот автоматически отследит восстановление доступности страниц, а также все произошедшие изменения, после чего, с обновлениями данных в инструменте, они должны будут перестать отображаться как "удаленные".
Это касается отображения данных в сервисе, если в настоящий момент ссылки присутствуют, то на количество переходов это влиять не должно.
Мы проанализировали ситуацию с ранжированием Вашего сайта и на данный момент со своей стороны не выявили никаких причин, по которым количество посетителей Вашего сайта могло уменьшиться. Возможно, это произошло из-за того, что отдельные страницы сайта выпали из индекса поисковой системы, либо позиции Вашего сайта снизились по каким-либо запросам. Также это может быть связано с тем, что другие сайты изменились, наполнились информацией, и поток посетителей с Вашего сайта, возможно, перешёл к ним.
В любом случае, если Вы приведете нам примеры пропавших страниц или примеры запросов, по которым позиции сайта неоправданно понизились, мы проанализируем их и постараемся выяснить, в чем может быть дело. Не имея подобных примеров, мы, к сожалению, не можем более конкретно прокомментировать описанную ситуацию.
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------
PS: Особенно позабавила эта фраза:
"Ссылки отображаются как "удаленные" так как на момент сбора данных были убраны веб-мастерами соответствующих сайтов."

Все разом убрали, примерно 30 вебмастеров, включая "вебмастера" Яндекс.Карт
Ка бы-то ни было, трафик к вечеру восстановился и я выдохнул