от редиректа через 1-2 точки ничего не будет, а вот по поводу 404 - лучше бы, конечно, дубли, которые уже сгенерировались, 301 редиректом на канонические страницы отправлять, но в общем-то, ничего страшного не случится, если какое-то время (несколько недель) вебмастер будет присылать сообщения о новых 404, он сам понемногу их перестанет учитывать, если, конечно, на страницах сайта нет ссылок на несуществующие страницы.