Антон Чернов,
Делать форум в папке, удобней для раскрутки самого сайта, плюс общий тИЦ будет.
Делать форум в домене третьего уровня, форум будет считаться как отдельным сайтом, в том числе и свой тИЦ.
Отсюда и надо исходить во всём, в том числе ссылки с форума на свой же сайт тоже будут считаться. Плюс надо и желательно заранее продумать что это будут за проекты, не появиться ли вдруг желание разнести вообще сайт и форум к примеру по разным серверам, к примеру из-за нагрузки или ещё каким другим причинам, в случае третьего домена, ни каких проблем.
Но подобная тема уже не раз по разным причинам обсуждалась на форуме, в последний раз если не изменяет память, причина была в отношении поисковиков наличии дуближа материала на форуме или в частом повторяющимся на многих форумах одной и той же темя, ведь нге реко посетители начинают обсуждение чего либо на форуме просто скопировав часть материала откуда то, иногда это буква в букву бывает.