зайти на index.html и поищи там длинный код в тегах <frame> или <iframe> с длинным набором всяких непонятных знаков-цифр и т.д. если таковой найдется, и он явно не имеет отношения к коду страницы, не является скриптом сайта и страницы, значит это может быть он. удали вручную (сделай сначала копию index на диск С), сохрани на хостинге, напиши в Яндекс письмо с просьбой перепроверить сайт. если все ок, через день или два (Яша иногда делает это не быстро), сайт не будет считаться вредоносным.
еще на хостинге пройдись по папкам, на предмет там файлов и папок с названиями, которые не имеют отношения к файлам сайта. тоже разберись с ними.

но, дабы чего не вышло и все не исчезло - обязательно сначала сделай резервную копию backup сайта в надежном месте, и только после этого начинай искать вирусы.