Спасибо, Валентин!
А если все-таки на разных доменах site.ru и site.com. Пусть будут 2 базы, зато при большой посещаемости, нагрузка как минимум распределится на две базы, например, кто работает с site.ru (Россия, Украина, Беларусь и т.д.), то естественно под нагрузкой будет сервер и база с русским контентом. А кто работает с site.com (весь остальной мир, в частности англоязычный), то нагрузка ляжет на второй сервер.
Даже ссылаться нет необходимости друг на друга (например, RUS EN). В плане продвижения будет лучше (возможно), один под Google, другой под Яндекс.
Согласен, что в папке проще все сделать, но если все-таки на разных доменах. Какие-нибудь минусы есть в этом варианте? Кроме как: дополнительные расходы на домен и хостинг (хотя не на столько они значительны), больше средств на продвижение двух сайтов.

Всем здравствуйте!У меня сайт англо-русский, страницы все по умолчанию на английском, вручную всё перевожу на русский, качественно, грамотно. Сайт автоматом должен выбирать язык для пользователя в зависимости от его настроек браузера и географического положения. И автоматически открывается либо мойсайт/en/, либо  мойсайт/ru/.

Проблема в том, что его не видит Яндекс! С Гуглем и остальными всё замечательно, они всё понимают, а вот Яндекс проиндексировал главную на английском и всё, больше не видит ни одной страницы. При этом он мой сайт вполне выдает в результатах поиска, и даже на первых строчках. Но в индексе уже месяц у него только главная и только на английском. 
Что я делаю не так?