Site-auditor, пожалуй, лучшая из бесплатных. А лучшая из платных и бесплатных - SerpParser. Купил и никогда не жалел о покупке программы.

А мне Seopult нравится.  Толи привык, толи действительно удобно.

Не люблю бесплатные. Пользуюсь Ranking Monitor - 1.500 Стоит утилита пожизненная на 3 компа (если память не обманывает).

+ Программы + 

+1 Сохранение в базе прошлых позиций. 
+2 Автосохранение позиций сразу после сканирования, т.е не нужно сто раз кликать "сохранить" и мучится с отчетами, все остается в программе, и доступно для вытаскивания в любой момент. 
+3 Возможность поставить Яндекс Регион.
+4 Возможность поставить Яндекс с Кнопкой "В городе". 
+5 Возможность увидеть изменения позиции (от прошлых).
+6 Возможность увидеть лучшую позицию за все время (сканирования этого сайта). 
+7 Возможность поставить google (ru ua com)
+8 Возможность поставить около 70 поисковых систем. (встроены автоматически). 
+9 Можно добавить 10-20 сайтов, и смотреть в удобной таблице их позиции, сравнивать и оценивать. 
+10 Прямо из программы можно смотреть URL лист выдачи по тому или иному запросу, в той или иной выдаче. 
+11 Возможность выбрать радиус сканирования - до топ10 или там до топ10000, что позволяет уменьшить время сбора информации. 
+12 Редкое появление капчи, 1 раз на 1 скан 1 проекта. 

- Минусы - 
-1 Если проект занимает топ30-40 позиции, то сканирование порой проходит около 2-5 минут на 15-20 фраз. 
-2 Нельзя поставить сразу в трех4 регионах Яндекса сканировать. 
 

Цитата
Тарас Поздний пишет: SerpParser дорогая?

От 10 уе за минимальную версию до 30 за версию Pro