Я кажется докопался до истины. Вчера я создавал тему, писал что позиции сайта просели. За неделю до этого я закрыл все дубли (их у меня было около половины от всего количества).
Я увидел в интернете - что у людей уже были такие же ситуации, после длительных поисков.
Очевидно, что та 1000 страниц дублей давали определённый вес как главной странице так и подразделам. Их не стало и позиции просели, логично.
Только вот вопрос у меня, у кого ещё такая ситуация была и вернулись ли позиции через некоторое время или нет? Спасибо.