Здравствуйте!

Имеется основной домен и магазин в поддомене: shop.домен.ru. Почему в магазин в поддомене, а не в каталоге основного домена - возможно для улучшения работоспособности магазина. 
По индексации - проиндексировано все 100% страниц Гуглом (99% в supplemental выдаче) и около 50% Яндексом. 

Вопрос к людям с опытом: можно ли добавлять поддомен в аналитику Гугл и Яндекс для улучшения индексации (добавить сайтмэп)? Стоит ли опасаться падения уровня ранжирования основного домена? 

Контент в магазине и на основном домене не повторяется. В магазине исключительно товары. В основном домене их нет. По ключевым словам конечно совпадения есть. 

Какие "подводные камни" следует учесть при работе с поддоменом? Не хочется из-за него схлопотать фильтр для основного домена. 

Буду благодарен за ссылку на полезные и актуальные статьи по этой теме. Спасибо!