Может я не понял сути, но кто мешает тебе из разных рубрик указывать на одну статью? Как вариант, можно поставить К2 и сделать сайт в виде блога.

В разных решениях есть плюсы и минусы, не могу найти оптимальный вариант, поэтому готов внимательно рассматривать любые советы. В joomla с одной стороны удобно, что при добавлении статьи в раздел, а потом в категорию вступления сразу ложатся в нужные места. Если одну и ту же статью положить в разные разделы или категории, то у одинаковых статей будут разные адреса, а это не очень хорошо для поисковиков. Планирую сделать ещё два сайта и на первом этапе возникают трудности с правильной организацией структуры. Наверное все встречались с такой проблемой и мне интересно, как её решали. Не исключаю, что придётся со временем ставить чужие ссылки, а там важен уровень вложенности. Если писать статьи подряд в виде блога, то получается, что статьи на разные темы перемешаны. В начале примерно так оно и получится, но позже мне хочется сгруппировать статьи таким образ, чтобы получился как бы большой рассказ, где описывается всё по порядку, примерно как в печатной книге. Но, в начале по порядку писать не получится, надо будет просто группировать статьи по темам. Если писать в виде блога, то со временем получается осень большое меню с ссылками на статьи. Хотя, конечно, и у блога есть свои достоинства.

Вот именно поэтому и нужно делать сначала целостный сайт. Пусть к примеру это 300-400 статей, которые смогут сделать сайт показательным и сформированным так как будет до конца его жизни (ну или на длительный период времени. 
Тем самым, чем больше Вы сделаете сначала, тем меньше испытаете проблем в будущем.