У каждого из них есть преимущества и недостатки. У аналитикса удобный режим просмотра в реальном времени, есть возможность оставлять комментарии по результатам каждого дня. Иногда удобно просматривать результат после оптимизаций - смотришь график и понятно в следствии чего происходили скачки.Метрика же имеет более подробную информацию, с каких страниц к вам переходили посетители, а не только с какого домена.
Разные системы подсчета отказов. Да много между ними разного. Я только начал использовать эти системы и возможно, не разобрался во всех тонкостях и возможно они полностью дублируют функционал, но по Юзер-френдли интерфейсу они разные и каждый в чем-то лучше.