bliking,
Для индексации лучше думаю каталог, но всё ещё зависит от возможностей хостинга или сервера и нагруженности как сайта так и форума.
Разнесённые по разным доменам форум и сайт удобно мне кажется тем что если что то одно из этих начинает сильно требовать ресурсы, можно скажем форум вынести на другой хостинг.
У меня такое впервые вышло из-за чата, он требовал Демона а простой хостинг это запрещал.
Надо всё смотреть конкретно и смотреть с учётом того что будет завтра.

У меня стоят 2 форума на Vb Suite. Как отдельные проекты. Без поддомена и прочего. Если есть свой сайт, а к нему форум, то лучше forum,site.ru И ТИЦ набрать можно, и вложенность страниц будет адекватная.