Пропиши в файле .htaccess:

Код
RewriteEngine on RewriteCond %{http_host} ^www.site.ru$ RewriteRule ^(.*)$ http://site.ru/$1 [R=301,L]

Также в файле robots.txt укажи главное зеркало с помощью директивы "host"
Если файл не существовал ранее или был пуст, то пропиши так:

Код
User-agent: * Disallow: Host: site.ru

Если в файле уже что-то есть, то пропиши директиву хост в конце
ЗЫ директива "Disallow:" должна быть обязательно