Цитата
Coder пишет: Может быть, так попробовать: Disallow: ПОДРАЗДЕЛ/

А разве так правильно?

Цитата
Disallow: /ПОДРАЗДЕЛ/*

Тоже не правильно. Если в обоих вариантах имеется ввиду один и тот же подраздел, то заблокируются и  страницы по адресу Сайт/раздел/ПОДРАЗДЕЛ/название страницы. 
Здесь нужно работать с двумя тегами Allow и Disallow одновременно. 

Allow: /раздел/ПОДРАЗДЕЛ/*
Disallow: /*/ПОДРАЗДЕЛ/

Можно также прописать:
Allow: /ПОДРАЗДЕЛ*/
Disallow: /раздел*/ или /раздел/* - Тогда будет индексироваться второй вариант, а первый - нет. 
Проверить можно здесь tool.motoricerca.info/robots-checker.phtml

Или попробуйте просто прописать link rel='canonical', используя специальные условные операторы.

Google сам об этом пишет - "Если Google будет знать о том, что содержание этих страниц одинаково, то сможет добавить в результаты поиска только одну из них", т.е. ту, на которую будет указывать тег rel='canonical'. Яндекс делает то же самое.
См. источник: https://support.google.com/webmasters/answer/139394?hl=ru

Цитата
DejetNK пишет: Как так получилось сам не знаю, но есть у меня на сайте много страниц, которые имеют по два разных адреса

Это так работает опция обработки ЧПУ. Если включена то адрес страницы преобразуется из вида "site/модуль/статический адрес" в "site/модуль/ЧПУ/статический адрес" Рекомендуется оставить ЧПУ адреса для поисковика, а дубли закрыть в Robots.txt.
Один из способов:

К примеру для модуля новости (news) имеем :
site/news/2013-11-19-41 и site/news/ЧПУ/2013-11-19-41

пишем в robots  директиву для закрытия от индексации адресов без ЧПУ :
Disallow: /news/2013-*
Disallow: /news/2014-*
Disallow: /news/2015-*
...
Все страницы каталога news начинающиеся со строки  2013-, 2014-, 2015-  будут запрещены к индексации.

Более радикальный способ :
Disallow: /news/201*
Disallow: /news/202*
Disallow: /news/203*


Здесь под сопли попадают все страницы каталога news начинающиеся со строки  201, 202, 203

Проверку доступности для индксирования можно затем проверить в ВМ яндекса чтобы не сделать лишний отрезец

Если в модуле включена опция "возможность вхождения материала сразу в несколько категорий", то теряется смысл во всех манипуляциях с Disallow