1. Для индексации практически не имеет значения - рубрика это или запись. Для робота это просто страница со своим урлом. Отличия минимальные могут быть в структуре и микроразметке иногда, например, наличие и отсутствие хлебных крошек. Но это вряд ли может повлиять на саму индексацию... Метки вообще чаще всего закрываются от индексации на таких сайтах, я их использую скорее для технических целей, но иногда их можно применить для помощи в навигации посетителям.
2. Перенести можете чисто ради удобства своего и посетителей, чтобы выводилось удобно в нужной рубрике. При этом лучше либо сохраняйте старый (который был у страницы), либо прописывайте редирект со старого адреса на новый. Но если у вас страницы все не в индексе ни в одной из ПС, то можно и забить на это.

3. Причиной плохой индексации, если тексты уникальные и нормальные, в вашем случае может быть история домена(( Не стоило его брать, так как хз почему он был заброшен пару лет назад. Посмотрите обязательно наличие санкций / проблем с безопасностью в вебмастерах Гугла и Яндекса. В Яндексе это заметнее, а в Гугле можно и упустить... Если, как вы говорите, в вебмастере все же все норм, то напишите Платонам, чтобы они подтвердили, что к сайту ничего не применяется. Хотя отписка, вероятнее всего, будет стандартной - развивайте свой сайт. У меня был похожий случай, описывал его здесь: https://www.cy-pr.com/people/143083/blog/proveryayte-domen-pered-pokupkoy/

Но у меня еще проблема в том, что почти по всем запросам, поиск выдает главную страницу сайта, а не саму статью, может поэтому много не в топ 100 даже, до переноса на https все было нормально вроде

Цитата
Enema пишет: Но у меня еще проблема в том, что почти по всем запросам, поиск выдает главную страницу сайта, а не саму статью, может поэтому много не в топ 100 даже, до переноса на https все было нормально вроде

По моему не легче ли обратиться к фрилансеру чтобы он вам всё корректно настроил? Если конечно средства есть.