Скорее всего да.Но точный ответ вы услышите от службы поддержки Яндекса.Напишите им письмо.

На вредоносный код можно проверить самому через Яндекс мастера.

Проверьте еще антивирусом.Если он с обновленными базами.

Вот еще почитайте.Может что поможет с решением проблемы.

Какие именно страницы сайта заражены?

Сайт помечается как опасный, если на нем обнаружена как минимум одна страница, содержащая вредоносный код.

В Яндекс.Вебмастере можно увидеть список известных Яндексу зараженных страниц. Однако, поскольку проверка страниц сайта на безопасность осуществляется выборочно, этот список может быть неполным. Поиск зловредного кода можно начать с указанных страниц.

Обычно вирусы используют стандартные файлы index.html, index.php и т.д. Кроме того, определить файлы, которые следует проверять в первую очередь, можно по дате последнего изменения.

Если в списке много страниц, скорее всего это означает, что заражена не каждая страница в отдельности. Возможны следующие варианты:

вредоносный код может находиться в общих для всех страниц элементах;
вредоносный код мог быть установлен вместе с кодом баннерных сетей, счетчиками или другим сторонним кодом;
вредоносная программа размещается на вашем веб-сервере и изменяет контент страниц;
в настройки вашего веб-сервера внесены изменения, например, в файл .htaccess добавлена строка, которая перенаправляет пользователей на вредоносный сайт.

удали тот модуль и скорей всего на твоем сайте шел залит уже, ищи его, посмотри в логах куда был неестесвенный запрос может где еще дыра есть, дыру искать скушно и долго, но всегда реально)