Есть варианты.

Либо второй сайт ссылается на первый, тогда первому слава и почет, а второй, чтобы не загреметь, должен имет уник или ссылаться на множество сайтов (тип - новостной сайт, их не банят).

Либо определиться, какой же все таки у ТС сайт важнее и не перекладывать из одного кармана в другой.

Либо ссылки на сайт-источник с комментариями (по правилам это не копипаст, а развитие темы). ТС: говорит о каталогах статей: здесь вступают в игру третьи лица, чей траст тоже важен. Думаю, одной статьей трудно пропиарить два сайта, из которых только один проиндексировал статью.
Если, например, Яндекс установит, что статья с хорошего сайта подкачивает сайт другой одного и того же владельца, то последствия для обоих сайтов непредсказуемы.
А зачем мудрить?