Если хост не показывается через Яндекс запрос, к примеру, host:mysite.ru то значит сайта нет в индексе? http://www.cy-pr.com/analysis/
раздел Проиндексированные страницы: продолжает показывать увеличение проиндексированных страниц именно Google, Rambler, Bing, Yahoo!

Но Яндекс по нулям! Счем это может быть связано? Возможно сие проявление и не милость Яндекса последствие от 6 дневного прибывания вируса в моем хосте?

Через некоторый дыры был залит шел. Шела как и все в принципе я замочил в корневой папке и восстановил сайт с бэкапа. А урон все же судя по всему нанесен..