Долгая индексация,вряд-ли. Это вы под фильтром находитесь,в гугле тоже значит в основном индексе не много у Вас страниц,яша так работает одни индексирует,другие нет,вся паника и истерия от этого(и насчёт тиц и насчёт всего),т.к. только глубоко уважаемый яндекс,может вести себя к сайтам с одинаковыми критериями по разному,вот и всё.

Ответ от support:
Просим прощения за задержку с ответом.
После анализа и классификации страниц домена vs-net.ru, на котором
расположен Ваш сайт, наши алгоритмы приняли решение ограничить его в поиске.
По этой причине страницы Вашего сайта отсутствуют в выдаче.
В данный момент сайт vs-net.ru не полностью удовлетворяет нашему понимаю
качественных сайтов:
http://help.yandex.ru/webmaster/?id=995342
http://webmaster.ya.ru/replies.xml?item_no=325&ncrnd=2022
http://webmaster.ya.ru/replies.xml?item_no=3772
http://webmaster.ya.ru/replies.xml?item_no=4967&ncrnd=1743
Когда наши алгоритмы сочтут сайт vs-net.ru достаточно качественным по
совокупности факторов, он сможет полностью появиться в поиске вместе со своими поддоменами.

Уже прошло больше 6 месяцев ничё не изменилось