Наверное, давно нужно было отписаться по результату. Я вывел сайт из-под АГС. Что было сделано:
1) повышено качество текстов путем искоренения опечаток;
2) убраны все выделения слов (любых) жирным шрифтом или курсивом;
3) убраны заголовки Н2, содержавшие в себе ключевые фразы или слова.
4) сокращение вхождений ключевых слов на страницах (никогда вхождение не превышало 3-4%, но тем не менее, кое-где на всякий случай ключевики были сокращены); 
5) изменение тайтл страниц (убраны повторяющиеся слова: например, для магазинов это могут быть "+ купить в Москве", для кино сайтов: "+смотреть онлайн"), после выхода тайтлы были возвращены в исходное состояние.
Что получилось в итоге: сайт вышел из под фильтров, но позиции (много было в ТОП 1-10) не вернулись. Вышедший из-под АГС сайт был расценен при ранжировании как новый и брошен Яндексом бороться с возросшей конкуренцией по определенным ключевым запросам. До попадания под фильт мной было оформлено много статей на темы, еще не поднятые в рунете и, соответственно, заняты ТОПовые места. По выходу из-под АГС, эти темы оказались уже раскручены. Но может быть, что сказалось изменение title страниц, хотя после возвращения их в исходное состояние, позиции не вернулись. На данный момент сайт с обеих поисковых систем получает в 5 раз меньше трафа, чем было до АГС (траф колебался в отметке 5-8к в день, теперь 1к).
P.S: на совокупность, по которой накладываются фильтры Яндекса, повлияли также прогоны, плюс сайт попал под Пингвина от Гугл. АГС был побежден, Пингвин - нет.