Yaltagrad, Ну когда у моего сайта на каждом из доменов (www.admin-kompa.ru и admin-kompa.ru) осталось по 1 странице в индексе, я сразу же пролазил весь интернет. И как я понял сайт попал под фильтр либо АГС-17, либо АГС-30. Сайт попадает под этот фильтр автоматически после какого то времени после создания, и автоматически выходит из этого фильтра, если контент сайта стал, в общем был такой косяк, это  первый мой сайт, было много копипаста. После этого случая весь контент сидел переделывал.(Не советую копипастить, и на меня не ругайтесь, так как первый сайт, думал что будет легче сделать так, но сам себе проблем наделал). 
Но суть сейчас не в этом. В то время когда сайт попал под фильтр, я передел практически все страницы на сайте. Но вот в чем проблема, то что сейчас в индекс попадают страницы, из ранее загруженных яндексом. А не те которые я переделывал. В общем в индексе битые ссылки, и их надо как то удалить из загруженных, что бы в индекс попали обновленнные. А сидеть и удалять по каждой URL, это очень тяжеловато тем более с моим интернетом, их около 1000. Я думаю вы поняли смысл того что я написал!