Скорее всего дело в том, что Вы сняли ссылки.
Хотя сами по себе они, особенно с сервисов подобных сеопульту, веса не несут. Но сама тенденция снижения ссылочной массы ( а ссылки могут выпадать постепенно, месяцами), безотносительно к их качеству, ведет к пессимизации. Как только уменьшение количества ссылок приостановится, этот фактор перестанет работать и сайт выйдет на прежние позиции.
ПС. Снимать гссылки всегда тяжко, но лучше это делать самому, зная на что идешь, чем ловить АГСы или летать по позициям в зависимости от их индексации ПС.