Да, это известная проблема в ЯК: одно юр.лицо - одно добавление в ЯК.
Скажу даже больше если в контактах на двух разных сайтах указанны одни и теже котактные данные, то Яндекс отказывается индексировать второй сайт.

Можно объединить сайты в портал. т.е в самом самом верху сайтов сделать общее меню в одну линию со ссылками друг на друга. По аналогии, как на Mail.ru, Яндекс.ru и т.д. и т.п.

Если, сидят в одном Центре, то отличие адреса идет по кабинетам (офисам). а так то они не только адресс сравнивают, но и Юр. название, ОГРН, ИНН.
А вы с какой целью хотите попасть в каталог, просто так или вам нужна привязка по многим регионам?

...просто у меня есть опыт захода в регион в ТОП, без привязки региональной.

В общем, дело было так: Когда у нас появился очередной партнер представитель компании в очередном регионе. Я как и вводится добавил его контакты на сайте, зарегистрировал его в разделе ВМ: Адреса и организации, и отправил заявку в ЯК на присвоение сайту ещё одного региона. ЯК - отказали, т.к. выяснили, что название фирмы представителя в том регионе отличается от нашей фирмы. На мое обоснование , что это наши партнеры, которые действительно представляют нашу продукцию в этом регионе, ЯК - попросили предоставить копии документов подтверждающие наши взаимоотношения.
....в общем на этом, все и закончилось. новый регион не был привязан нашему сайту.

А в регион я зашел через Я.Директ подал объявление руб. на 500. Через неделю я уже был в ТОП-20, а ещё через некоторое время зашел в ТОП-10 этого самого региона. (речь идет в ТОП по ВЧ-запросу).

Вот и получается, привязки нет, в сниппете выдается адрес этого региона (т.к. прописан в "Адреса и организации") и сидим мы в этом регионе.