Метрика - дополнительный способ засветится Яндексу, напоминать ему о своём существовании. При наложении санкций (например за накрутку), ПС берут данные из всех доступных источников и в этом смысле метрика будет дополнительной защитой от манипуляций конкурентов! ИМХО (глубокое). 
Я никогда не пользовался аддурилкой, завёл вебмастер Яндекса, лишь через полгода. В Гугле подтвердил права лишь через год. На второй год добавился в Мейл, Рамблер, Яху и пр, в байду не удалось. Никак это не повлияло на продвижение, только в Мейле занял те же позиции в регионе, что и по другим ПС (2-5 переходов в день). Добавляйтесь в Мейл - есть небольшой эффект. Ну и из Бинг и пр стало по 2-3 перехода в неделю. 
Метрику ставил и сносил несколько раз на первом году - никак не отражалось.