Есть мнение, что ссылки снимать не обязательно. Яндекс хочет, чтобы вы вкладывались в директ. Я думаю, что самый оптимальный вариант не снимать ссылки, а на каждый продвигаемый сайт вкладывать в бюджет 200-1000 руб\месяц директа. Этим самым те, кто получили письма счастья, покажут свою лояльность к Яндексу и, как я полагаю, могут избежать жестоких фильтров. 
Собственно говоря, если у вас сайт хороший, приносит пользу пользователю, он находит на нем информацию, которую он запрашивал - зачем вас понижать в индексе? Если ваш ресурс отвечает той информации, которая запрашивается - Яндексу наоборот выгоднее, чтобы ваш сайт не терял позиции.
По честному говоря, сейчас почти вся выдача топа яндекса по коммерческой тематике состоит из Контент+ссылочное( иногда+директ). Спрос на услуги сео сейчас довольно таки высок, в связи с чем топы занимают сайты, которые активно двигаются с помощью ссылок. Если выкинуть абсолютно всех лидеров из топа и сделать так, что в выдаче останутся заброшенные магазины-сайты-агентства - Яндексом попросту перестанут пользоваться. Кому нужен необъективный поиск? В связи с этим соглашусь с теми, кто писал здесь о том, что это показательная чистка крупных игроков-сайтов с намеком на то, что надо вносить свою финансовую лепту в виде покупки трафика напрямую у Яндекса без конкурентов. Если вы хотите себя обезопасить - лично мое мнение - потратьте лишние 500рублей в месяц на директ.