сайт.ру - заточен мета и контент под 1 город, поддомен.сайт.ру - под второй. Соотвественно сайт.ру - добавляете в вебмастер, карты, страница контактов - как город 1. поддомен.сайт.ру - как город 2. Этого более чем достаточно.  Дальше продвигаете как 2 разных сайта, если бюджет тратите на ссылочное - то и расходы соответственно вырастут. + в контенте желательно не только название города поменять, а полностью переписать все тексты под город 2. Про выбор для человека - в сети уже масса примеров бесплатных реализации, + банально у самого посетителя при заходе на сайт можно спрашивать из какого он города.