Вероятнее всего, это просто глюк. В вебмастере каждый день почти ссылки на каком-нибудь из сайтов исчезают, а может и ежедневно, я просто так часто не слежу. Вот сейчас у меня, например, в вебмастере показывает на одном сайте 300 ссылок с 60 доменов, а в новой версии вебмастера - по нулям. Хотя по остальным сайтам адекватно вроде. С ссылками теперь всё у Вас в порядке, так что не переживайте по этому поводу.