Для такого масштабного продвижения будет необходимо правильно организовать структуру и создать уникальные посадочные страницы входа на сайт вида: домен/город/услуга/ и оптимизировать каждую страницу под определенный город с обязательным указанием номеров телефонов, адресов и других топонимов и в тайтлах соответственно с подстановкой в Городе таком-то. Многое от тематики зависит.
Понятно, что большой номенклатуре услуги или товаров (если это интернет магазин) это будет муторно, но если хотите продвигать каждый раздел по определенному городу, то придется. В ЯВМ нужно будет указать Россия. Также зарегистрируйте сайт в Яндекс Справочнике в каждом городе. Да, понятно купить стационарный номер в каждом продвигаемом городе это также проблемно. Но указать адреса офисов (вымышленные) можно, лучше конечно их назвать Точки продаж или еще как-нибудь, но, проверять 2GIS или Я.Справочник если начнут, то удалят компанию. Или если клиент потенциальный будет искать и не найдет, то негатив посыпется.  
Идеально будет иметь номер 8-800 конечно. Да, главную страницу оптимизируйте под общий запрос типа "по всей России". 

Я как раз сейчас эту тему тоже прорабатываю, но правда не на Россию, а на весь регион. Создали страницу География продаж и скоро будет создано много разделов под крупные города и села.

Важно!!! Это можно делать если есть необходимость. У нас трафик с регионов начал валить и заказчик захотел выйти на регион, филиалов пооткрывал и так далее.

Ну как-то так.