Индексируются все доменные зоны одинаково(кроме первого раза), но на выдачу имеет влияние региональность сайта на домене, определяемая яндексом автоматически (про гугл не знаю). Так, сайту на домене org.ua яндекс автоматически присваивает регион "киев и киевская область", что негативно скажется на позициях сайта в казахстане, например. Регион сайта можно изменить вручную, если необходимо.

Зона net относится к международным доменным зонам, с которыми, по моему опыту, достаточно легко работать. ИМХО

Берите тот домен, который вам по душе и будет вам счастье.