Пропишите robots под www и двигайте с www. Как бы Яндекс не переклеил все сайты под www

301 редирект в .htaccess - решит все проблемы. Останется что-то одно - и для ПС, и для юзеров с их закладками.

Что-то типа:
(если с www)
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^mysite\.ru$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://www.mysite.ru/$1 [L,R=301]

(если без www)
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.mysite\.ru$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ http://mysite.ru/$1 [L,R=301]

Вместо mysite - имя домена, и зону правильную (ru, com, info или что у вас там) иначе просто грузится перестанет.

После этой процедуры любой переход будет только на основной или на зеркало, в зависимости от того, что выберете.

Тут дело такое... По идее - идеальный вариант выставление редиректа, сразу во время создания сайта. Тогда все ссылки будут вести или только на сайт или только на зеркало.
Сейчас нужно просто выбрать, что оставить с www или без www. Да скорее всего первое время сайт будет что-то терять, но потом только приобретать, поскольку "распыления" по зеркалам больше не будет. Опять таки для ПС полезно - нет 100% зеркального дубликата.

На счет будет - не будет (про соц.закладки) 100% сказать не возьмусь. Но у меня был опыт, когда пришлось зеркало тем же образом переключать на основной домен. То есть сперва редирект был на www, а потом (по ряду причин) редирект стал на домен без www. При этом было несколько ссылок на зеркало с блогов. Через какое-то время гугл их подхватил. Яшка то хватает то выкидывает,но он сам по себе неадекватный. Не факт, что что-то хорошее идет от этих ссылок, кроме упоминаний. Если их не вагон и маленькая тележка - я бы пренебрег.

Это только эмпирический опыт - по одному единственному сайту. Может, кто-то точнее сказать сможет. На сколько я понимаю, тут еще большая разница, как именно идет проверка на наличие ссылок. Например, в кавычках запрос или нет - большая разница...

И кстати, раз на написание с www перешли, проверьте роботс - что б нигде ничего не конфликтовало. Например, директива Host - для Яндекса, или ссылка на Sitemap.