Это вопрос или утверждение? Вообще ничего странного в этом не вижу, позиции и должны отличаться. Там же туча факторов имеется от вхождения в url, количества и анкоров ссылок до ПФ и положения Марса.

Представим следующую ситуацию - это пример, прошу придираться только по существу. Есть 3 сайта, занимающие позиции Топ1, Топ2 и Топ3 по релевантности слову Мухомор:
1. 5 точных, 2 ссылки, ... +100500 факторов ранжирования
2. 2 точных, 1 ссылка,
3. 3 точных, 0 ссылок,
Имеет, что степень релевантности 1 сайта запросу например 80%, второго 60 и третьего 40.
Теперь попробуем представить релевантность этих сайтов по запросу Muhomor:
1. 0 точных, 2 ссылки, ... +100500 факторов ранжирования
2. 0 точных, вхождение в url, 1 безанкорная ссылка с вхождением в ключа в url,
3. 0 точных, 0 ссылок,
Итого скорее всего получим 2 сайт на первом месте, 1 сайт на втором месте, а третий на последнем.
В общем хочу донести, что конкурентность по Мухомор и Muhomor будет совсем разной, что приведет к сильной перетасовке всей выдачи.

Цитата
Влад Мищенко пишет: почему если вхождение в урл, не имеет разницы. т.к. урл не совпадает с запросом.

Может быть частичное вхождение или переведенные слова, при том в Я и G они почти всегда различаются.
На самом деле факторов ранжирования очень много, и получается, что в данном случае (транслит) Ваш сайт более релевантен и все.

P.S. Вообще если без ссылок Ваш сайт выше по транслиту, то значит в нормальной выдаче другие сильно давят ссылочным - отсюда сайт и ниже находится.