Константин Нейтро,  чьего закона?
Если деньги за клики будут идти в казну гос.компании то никаких нарушений.
А если деньги от кликов будут идти в карман ушлому вебмастеру то это уже нарушение закона. Это как к примеру вы работаете водителем и вам дают казенный бензин для гос.авто, а вы ездите на нем по своим нуждам, списывая его как по работе. Это нарушение. Мошеничество или другими словами кража. Или другой пример вы работаете на гос.предприятие обычным менеджером. Тырить вроде нечего, ан нет! находится выход. можно книжки распечатывать на казенной бумаге и казенном принтере, можно ручки домой брать с файликами и с той же бумагой. Это тоже кража.
Вывод: Сайт сделан на государственные деньги. значит пренадлежит государству. И любой заработок должен идти в казну государства.

Цитата
Константин Нейтро пишет: Кто нибудь уже сталкивался с подобной проблемой и нет ли препятствий со стороны закона?

Не сталкивался. Можно подробнее о сайтах в личку?
1. желательно бы ссылочку.
2. кто попросил и кем он является (должность)?
3. кем вы приходитесь для данного учреждения и сайта? (вебмастером, сетевым админом)

В системах гарант и консультант не увидел законодательства, регламентирующего данную сферу деятельности, соответственно вы можете установить рекламу на свой страх и риск. Учтите, что если сайт - государственная собственность, то вам необходимо будет проконсультироваться с отделом образования, если же, как у меня, был сайт школы, который был создан на мои деньги, то и прибыль я получаю, соответственно, только в свой карман.