Вообще кроме самого скрипта (бэкдоры, присущие нулл-релизам), много чего еще надо (рекомендации Платона, когда у меня была схожая ситуация):
- сменить пароль от ftp;
- сменить пароль от административной панели CMS;
- сменить пароль от РСУБД (база данных);
- сменить пароль от SSH, если Вы используете данный протокол;
- сменить пароль от панели управления веб-хостингом (DirectAdmin, Cpanel и т.п.)
=-=-=-=-==-=-==-=-==-=-=
От себя: появления таких таблиц не может быть случайностью. Редкий, но тоже вариант, самый худший - все идет от "хостера".