В общем я понял, что это какой то кривой скрипт. Он как то неправильно работает сам по себе. Не знаю в чем проблема.
Но проблема не решена, и для меня это серьезная проблема.

Все же интересно, даже если я в настройках домена пропишу *, можно ли через ФТП организовать, что подпапки будут субдоменами. В дальнейшем все поддомены я собираюсь закидывать только через фтп. Как это можно сделать?)

Те варианты которые мы обсуждали выше, они не много не рбоатют)_