Доброе утро. Нашёл хороший способ избавление от дублей в joomla (Тестировалось на 1.5 версии).
Протестировал на своём сайте joomla Версия 1.5.25.
Что я получил: Все ненужные мне страницы стали выдавать 404 страницу, а именно:
   -Страницы не в своей категории (Сам не понимаю, но статья была доступна по адресу сайт/салат/красный борщ и сайт/приправы/красный борщ. Что то в этом роде)
   -Страницы вида сайт/категория n/аллиас - где n - переменная
   -Страницы вида сайт/n?start=n - где n - число
   -Страницы вида сайт/n - где n - число
И другие...
Перед заменой файлов сделать резервные копии текущих.
Файл роутер положить в /components/com_content
Файл артикл  положить в /components/com_content/models
Скачать: Яндекс Народ
P.S. Метод удаляет лиж большую часть дублей.
Надеюсь кому нибудь информация будет полезной:)