Akeeba BackUp создает очень серьезную нагрузку на сервер. Если есть ограничения по нагрузке от хостера, то могут отключить сайт на какое-то время. В свое время так и не удалось закончить архивирование, сайт все время превышал лимиты и автоматом отключался. На VDS все проходит гладко (архивация). А вообще это иногда бесполезный (скрипт очень зависит от многих "внезапностей", после чего все приходится начинать сначала) и нудный процесс.
Лучше бэкап делать вручную - сжать в файловом менеджере все папки и файлы в архив zip и потом скачать через ftp одним файлом (тогда ничего не потеряется). Базу же сохранять из phpMyAdmin дампом.