Цитата
Сам Артио настроен, а мануала по использованию, уже настроенного практически нет. Меня интересуют вопросы что и как прописывать в разделах JoomSEF - SEF Url и тд. где ставить "index.php?" и т.д...

Если менять настройки урлы поменяются. index.php вообще нигде ставить не надо, это все дубли у J. Подсказать так трудно, вряд ли кто помнит визуально настройки артио тех версий.
Ставьте локально сервер, и обновите, проблем нет миграцией с J 1.5 до J 3.6.x и насколько помню у вас виртумарт стоит еще, прекрасно переносятся данные с vm 1.x на 3.х Урлы - у вас стоит Артио там есть экспорт данных, затем ставите на обновленный сайт Артио и туда импортируете файл настрое и данных, урлы контента сохранятся, а урлы виртумарта как карта ляжет) только тут работы непочатый край может возникнуть.
Все равно рано или поздно придется обновлять, слишком критично держать такой сайт. Лучше в день тратить время на обновление по часу, хотя при удачном раскладе можно обновить и за час, только работа с шаблоном в это время не входит)