Далеко не факт, что не учитывается. Зависит от того, как именно прикручена навигация. Приведу 2 варианта:
1. Навигация выполнена на чистом HTML, например в виде немаркированного списка и на все это наложены JS эффекты.
2. Навигация от и до генерируется скриптом.

Так вот, вариант 1 - будет учитываться совершенно нормально. Если сами не можете выяснить что и как у вас построено, то просто отключите выполнение JS в браузере и посмотрите, что осталось от навигации. Если она(навигация) на месте осталась, но без "рюшек", то переживать процентов на 99 нечего...