Diman_TS, подскажите, у вас vds или виртуальный хостинг?

Подобная проблема могла быть из-за нескольких моментов, одна из которых на Виртуальном хостинге — из-за нарушения прав к папке домена, в том числе из-за закрытия правилами .htaccess. К нам обращались пользователи с подобной проблемой, когда использовали системы защиты от взлома сторонних разработчиков/модулей для того же Wordpress или так работала система ImageCMS. Для обновления сертификата Let`s Encrypt на тот момент нужен был доступ непосредственно к папке .well-known.

Если доступы были и до этого сертификат обновлялся также нормально, то странно что в момент обращения в техподдержку, сервису для получения сертификата требуется доступ к этой папке. Это вторая причина, а именно несвоевременное обновление ПО сервера, так как, если память не изменяет, уже с начала 2018 года, при получении сертификата папка .well-known в папке домена не создаётся и получение сертификата идёт немного другим путём. Нужно узнать версию панели и стараться держаться актуальной версии:
https://www.ispsystem.ru/software/ispmanager/changelog

Также, ещё одна возможная причина — для вашего ip-адреса действительно было запрошено слишком много обращений на получение сертификата для доменных имён или же сервис был недоступен. Если сервис недоступен, то могли выдаваться подобные ошибки как у вас. Но это исправили в версии 5.182.0 в декабре 2018.

А так, у клиентов практически никогда не было сложности или проблем с приобретением/обновлением сертификата в автоматическом режиме в ISPmanager Lite в 2018 году. Лишь один случай в памяти, когда клиент удалил задание из планировщика и панель пыталась обратиться за получением сертификата, но не обрабатывала событие. Но это случай из ряда вон выходящий.