Расскажу, как я с коллегой открывал ООО.
Как и все начинающие мы задались первым и важным вопросом: «ИП или ООО?». Начали штудировать просторы интернета.  Изучали вопрос, до тех пор пока один мой знакомый (владелец ООО) не заявил однозначно, - нужно ООО, и порекомендовал услуги своего бухгалтера на аутсорсинге.

Позвонили. Договорились. Встретились.
Хозяйка аутсорсинговой компании выслушала наше желание открыть интернет-магазин, и предложила создать ООО (УСНО, 15% с дохода минус расход).
Одно из основных отличий ИП от ООО: по ИП надо платить в ПФР, а по ООО, не надо, если учредитель и директор в одном лице и других сотрудников не числится.
Так как у меня с коллегой есть уже постоянное стабильное место работы, поэтому нас устроил вариант с ООО без ПФР.

Сразу скажу, что закон не обязывает вносить в уставной капитал ТОЛЬКО денежные средства (те самые пресловутые 10 т. руб):
Допускается передача обществу вещей, прав пользования ими, прав требования и другого имущества, допускаемого законом в качестве вклада в уставный капитал.
Бухгалтер нам порекомендовала «внести» не равные доли имущества в уставной капитал, - это поможет в дальнейшем решать СПОРНЫЕ вопросы в бизнесе: последнее слова за тем, у кого доля больше. На том и порешили  - приятель записал в Устав только что купленный ноутбук для этого дела (стал учредителем №1 и Директором), а я свой домашний принтер (стал учредителем №2).

ОКВЭД
Торговля через интернет-магазины относится к электронной розничной торговле, осуществляемой через телемагазины и компьютерные сети (электронная торговля, включая Интернет), код ОКВЭД – 52.61.2
Для изготовления интернет-магазинов, сайтов на заказ и осуществления консультирования по данной тематике, добавили ОКВЭД - 72 - Деятельность, связанная с использованием вычислительной техники и информационных технологий.
Юридическим адресом указали – домашний адрес Директора.
У некоторых людей существует  боязнь оформления своего домашнего адреса как юридического, т.к. нагрянет налоговая с проверкой домой....  В этом нет ничего страшного, всех проверяющих можно направит по адресу аутсорсинговой компании, где хранится вся ваша бухгалтерия. Т.к. нет закона, предписывающего хранить бухгалтерию по юридическому адресу. Если бы это было не так, то все аутсорсинговые бухгалтерские компании не имели бы право на существование.

Расходы
И так, открытие ООО нам обошлось: 
4 040 руб. – госпошлина;
1 300 руб. – Нотариус (регистрация заявления доверенность);
5 000 руб. – вознаграждение бухгалтерской конторе за открытие ООО.
-----------
10 340 руб. – Итого (по ценам в 2012 году)

Далее (расходы, которые уже можно включать на баланс фирмы после регистрации):
10 400 руб. – ККМ Меркурий 115к – мобильный кассовый аппарат;
1 000 руб. – печать фирмы;
1 500 руб. – Token (эл ключ инет-банк);
1 000 руб. – Месяц обслуживания банковского счета….
4 500 руб. – минимальная плата за квартал бухгалтерской конторе за нулевую декларацию
Далее
Для оборота денежных средств вложили в фирму по 50 т. рублей. Пошли первые заказы.
Сам интернет магазин писал собственноручно в течении 1,5 лет, с оффлайновым ПО обработки заказов и базой в Облаке – но это отдельная история.

Бухгалтерская отчетность
В первое время подаются именно нулевые декларации, т.к. расходы превышают доход.
Если в течении нескольких лет в налоговую от вас поступают нулевые декларации, то она присылает вам письмо-запрос о целесообразности вашей фирмы. На такое письмо бухгалтер составляет ответ, что в настоящее время разрабатывается план по развитию бизнеса и привлечению инвестиций, ...

Обналичка денег
Так как в начале  нашего дела мы внесли деньги в кассу (Заемные средства) на развитие Фирмы, то мы так же свободно в любо время можем брать эти деньги из кассы и оформляется это как Возврат займа.
После возврата всех заемных средств, действует следующая схема (составлена  для  6% системы налогообложения):
К примеру: Доход фирмы за год составил 1 000 000 руб. вычитаем из них 6% = 60 000 руб. и минус  9% от остатка т.е 9% от 940 000 = 84 600
(9% - налог на доходы физлиц - дивиденды)
Итого с 1 млн в год нужно в первый квартал следующего года заплатить 144 600 руб. все остальные деньги вы снимаете, переводите, в общем делаете с ними все что хотите.
Для 15% системы налогообложения все то же самое, только там дивиденды считаются как доход минус расход.
.............................