Ручные санкции применяются при систематических нарушениях, а также когда добродетели пожаловались на Ваш сайт.Доводилось не раз выводить кризисные ресурсы. Если вы увидели сообщение о ручных санкциях - то это минимум на пол года. Даже если сразу удалите все свои ссылки в вебмастере.

Почему nofollow не сработало, нужно смотреть, как проставлялся данный тег, сразу ли ссылки были с ним. Лучше отключайте ГовноСсылки через вебмастер.

А еще лучше анализировать ссылки на свой сайт и не допускать ссылок с не тематических мусорок.