Наверное банальщину ляпну, но всё же. Если говорить про яндекс, второстепенное меню даст только пользу. Посетители если они есть, будут клацать по этим категориям, увеличивая маршрут своей прогулки по сайту - как итог, уменьшение процента отказов, ну и какие-никакие поведенческие факторы. Про гугл же, наверное промолчу лучше, могу строить лишь предположения