Я тоже это замечал, но тут есть, по-моему, вполне логичное объяснение.
В метрике выводится информация по последнему запросу по данному ключевику, а т.к. в различных регионах сайт выдается по одному и тому же ключевику на различных позициях, то вы заходя не через метрику, а напрямую набирая ключевик в поиске из своего региона - видите положение сайта именно в своем регионе. Попробуйте сменить регион (либо зайдите по ссылке из метрики - там подкинется регион последнего запроса и позиция будет корректна) и увидите, что все вполне верно.