Главная ошибка - отсутствие трафиковых статей на сайте. К примеру, под какой запрос заточена страница m1kle.ru/velikiye_knigi.php? Подозреваю, кто ни под какой, т.к. любой ключ растворится в таком количестве списков. 

И да, ИМХО, дизайн ужасен. Вас кто-то обманул, назвав ЭТО минимализмом.  В эпоху web 2.0 смотрится, мягко говоря, убого. К тому же, сразу и не понятно, о чем же сайт.  

Цитата
Михаил пишет: Другие же статьи написаны для людей, а не для поисковых систем. То есть я ставил цель наиболее полно раскрыть тему, чтобы людям было удобно и страница представляла некую ценность для читателей.

Тогда зачем Вы лезите в поисковые системы? Напечатайте свой сайт на визитках и раздавайте людям. 

Оптимизация должна быть в любом случае. 

Заголовок. 
Описание. 
Ключевые слова. 

Если их нету, то можно даже не двигаться. 

Кейворды. Дескрипшион. 
Тайтл. 

Где они есть? 
Если Вы даже не знаете что такое ключевые слова? 

Если Вы мельком прочитали что-то, то это не значит что они у Вас есть..

Почитал Ваш манифест. И не понял, зачем он.

Цитата
Михаил пишет: в разделе «Наш Манифест», который является своеобразной душой сайта, в соответствии с которым я его развиваю.

Манифест буквально - призыв, если перевести с позднелатинского (manifestum). К чему призываете? Зачем этот сайт? Что в нём особенного, кроме минималистичного дизайна? Вот заключительная часть этого текста, судя по пометке NB, очень важная.
Я не спец по оптимизации, как Джокер, но я понимаю смысл текстов, написанных по-русски. И вижу, что текст есть, он грамотно сформулирован и оформлен. А смысла нет, ибо он в том, что данный текст, в общем-то, никому не нужен, включая автора, который заранее сомневается, что при чтении у человека может возникнуть мысль. 

Цитата
NB Стоит отдельно отметить, что эта страница — ни в коем случае не то, к чему мы призываем, она технична, и ей мы не хотели ничего выразить, её форма произвольна. Иными словами, мы не призываем в этом манифесте создавать такие страницы, как эта. Но все это на случай, если у некоторых читателей возникла подобная мысль, в чем мы, честно говоря, сомневаемся.

Господа, не ожидал такого критического настроя, честное слово.
1) Манифест. У него есть смысл и есть призыв. То, что Вы цитируете есть Nota Bene, то есть приписка, то есть нечто дополнительное. И то (!), в ней говорится, что мы не призываем делать такие же страницы, то есть идентичные, а призываем каждого человека, с нами согласного, по-своему адаптировать манифест исходя из специфики и целей своего сайта (то есть NB по сути призывает к творческому истолковани. манифеста, а не буквальному, но это не отменяет общий призыв манифеста, который, разумеется есть).  У меня нет иллюзий, что многие люди согласятся с направлением идей в нём изложенных, но если такие есть, и если чью-то точку зрения он изменит — то полностью выполнит свою функцию.
2) Про ключевые слова, понял вашу мысль. Буду добавлять для каждой страницы тег кейвордс, хорошо.
3) Я могу чётко сформулировать к какой тематике относится сайт, но не одним словом, а развернуто. Поэтому с поисковиками и их классификацией есть некая проблематика. Сайт функционирует как единый организм, манифе — его душа, журнал — его ядро, на котором всё строится. Идея сайта — просвещение и попытка возродить нашу цивилизацию (не всем может придтись по душе, но так я формулирую, и поверьте, единомышленники у нас есть), всё так или иначе крутиться вокруг этой идеи. Я сказал, что журнал — ядро, это действительно так. Все материалы в разделе «Полезности» и «Музеи» призваны повысить культурный уровень человека или помочь в понимании каких-то вещей из журнала. То есть они прикладные по своей сути.
Надеюсь, друзья, на все вопросы удалось ответить.

http://m1kle.ru/about.php - эта страница на сайте не нужна, её нужно убрать или поглубже запрятать. http://m1kle.ru/moscow_museums.php - выгоднее будет под каждый музей отдельную страницу, а на этой сделать текст общий про музеи (как правило ищут конкретный музей)
http://m1kle.ru/useful.php - вообще отдельным сайтом

Михаил, Вы сформулируйте, чего хотите от сайта. Тогда и советы будут конкретными. Делать комплексный аудит и по полочкам раскладывать все ошибки с рекомендациями по их устранению - да ещё доказывать Вам, что надо именно так - за просто так никто не будет.