В целом первый вариант лучше я считаю,потому что разные тематики магазины.

Если разноплановые интернет-магазины - возьмите 2 домена второго уровня и не парьтесь.
Если есть между ними что-то общее, то можно попробовать в папках, но имхо это не очень хороший вариант.
Если магазинов планируется больше двух (неограниченное кол-во) - то поддомены однозначно.

Цитата
qwest2002 пишет: ТИЦ и ПР как у главной сайта

ПР для каждой страницы отдельный.

Цитата
+ возраст как у главного сайта и общая ссылочная масса, в итоге расходы на продвижение минимизируются

Так, имхо.

Цитата
Единственный минус, это если ПС забанит один раздел, забанятся все магазины.

Единственный.

При грамотном подходе и нормальном сайте - с чего его банить? Кроме того, поскольку это одна фирма, то наличие видимого количества магазинов (сеть), с разным направлением но в одной сфере - торговля, создает определенный репутационный плюс. Далее, вы совершенно правы - синергия плюсов(правда, и минусов) будет играть свою роль, и при правильном подходе послужит модификатором увеличения эффективности и снижения издержек на продвижение.
Далее - поддержка и сопровождение, в рамках целостной системы упрощается и удешевляется. Равно как и расходы/заморачивание с рекламой и продвижением основных информационных страниц. + широкий простор рекламирования всех магазинов и товаров на одном сайте/страницах - не нужно думать о копипасте и прочем - все в одном месте. Плюс, конечно упрощение в рекламе и продвижении самой фирмы, ее названия, телефонов и т.д.

Имхо.

Цитата
pelikesha пишет: Ну тогда подскажите по каким запросам вы будете двигать главную страницу (а именно она будет обладать наибольшим весом).

Собственно говоря, а в чём сложность? Я в этом вообще большой проблемы не вижу)  Сейчас тысячи многопрофильных проектов которые успешно продвигаются.Зайдите в любой интернет-магазин подарков и увидите, что там продают буквально всё, от чемоданов до зубных щёток... И в некоторых из них, между прочим, главную страницу вообще не продвигают, а перелинковывают её с разделами, и часть веса главной уходит на внутренние...

Цитата
pelikesha пишет: а это к моему старому вопросу, есть ли точки пересечения

Точек пересечения, кроме главной, не будет, у каждого магазина планируется сделать самостоятельные витрины с индивидуальным дизайном                                       
pelikesha пишет:
Да, возьмите например викимарт и посмотрите как у них сделано. Ну у Викимарта инвестиционный фонд составлял порядка 50 000 000 долларов. При всём моём желании не могу себе позволить на них равняться, на данный момент))) Хотя у всех крупных проектов (мэйл, яндекс и .т.д.) поддомены, и это дополнительный повод для раздумий...

Цитата
pelikesha пишет: то будут возникать проблемы с CTR почти всех страниц, с интеграцией с Яндекс-Маркетом - как следствие - ужасная конверсия

А можно подробнее на этих моментах? 

Цитата
pelikesha пишет: Надоело перечислять. Думайте сами.

ОК , спасибо за информацию!!!

Попробуйте воспользоваться поиском. Данный вопрос неоднократно уже обсуждался, вот на вскидку еще тема.

Видно выходные, всем пофиг.