Возможно, ваша ситуация аналогична моей - индексировалось все нормально, а месяца 2 назад перестали влетать страницы. После долгих мучений Платона, получил следующий ответ:
Не переживайте, с нашей стороны к Вашему сайту никаких санкций или ограничений не применяется. 

К сожалению, некоторое время назад возникли проблемы на нашей стороне, из-за которых остальные страницы Вашего сайта ещё не начали появляться в выдаче. Сейчас мы ведем работы по улучшению ситуации с обходом Вашего сайта, но, увы, на текущий момент страницы еще не начали появляться в поиске в нормальном режиме. Приносим свои извинения за доставленные неудобства.
Хоть признали, что у них косяк, а то было бы как в анекдоте:
На военные сборы отправили программера с Яндекса, дали автомат и на стрельбище. Тот использует все патроны и ни разу не попал.
Капитан: Как это называется? Как можно было с растояния в 50 метров ни разу не попасть?
Программер посмотрел на калаш, покрутил и ответил: С моей стороны все сделано правильно, косяк где-то у вас.